mysqladmin processlist -uroot -ppassword

Показывает список активных процессов mysql. Ищем медленные, думаем в чём причина.

+-------+---------+-----------+---------+---------+------+----------------+------------------------------------------------------------------------------------------+
| Id | User | Host | db | Command | Time | State | Info |

mysqladmin -uroot -ppassword shutdown

password — пароль рута, если его нет, то:

mysqladmin -uroot shutdown

А теперь запускаем:
/usr/local/bin/mysqld_safe

Перед остановкой поищите то что будете запускать с помощью locate, возможно что путь будет немного другой.