Полезная команда, которая поможет вам проверить и восстановить все таблицы в ваших базах данных mysql:
mysqlcheck -uroot -ppassword --auto-repair --check --optimize --all-databases
Подключаемся к серверу по ssh и вводим вышеуказанную команду, заменяя только root — на имя пользователя и password — на пароль пользователя.