Под рутом работатет, быстро, сочни, вкусни!

/usr/local/etc/rc.d/mysql-server restart

mysqladmin -uroot -ppassword shutdown

password — пароль рута, если его нет, то:

mysqladmin -uroot shutdown

А теперь запускаем:
/usr/local/bin/mysqld_safe

Перед остановкой поищите то что будете запускать с помощью locate, возможно что путь будет немного другой.