В *nix есть утилита sed, это поточный редактор.

В плане замены строк sed работает так:

sed -e 'e/aaa/bbb/g' file.txt > file.txt

Все вхождения подстроки aaa будут заменены на bbb. Если убрать инструкцию «g», то будет заменено только единственное вхождение, а не глобально.

У sed есть более функциональный брат-последователь GNU sed, во FreeBSD его можно найти в портах как gsed, установим:

cd /usr/ports/textproc/gsed
make config && make install && make clean

Не забывайте после установки выполнить
rehash