du -h -d 1 /
Видим список файлов с указанием их размера. Например какая-то ошибка в скрипте вызывает постоянное логирование в файл в папке /var, то есть вижу что-то вроде:
781M /var
Ок:
du -h -d 1 /var
...
du -h -d 1 /var/log
И т.д., пока не найдём пожиратель дискового пространства.
Может быть есть более изящный способ определения причны «No space left on device», но и этот хорошо работает.