du -h -d 1 /

Видим список файлов с указанием их размера. Например какая-то ошибка в скрипте вызывает постоянное логирование в файл в папке /var, то есть вижу что-то вроде:

781M /var

Ок:

du -h -d 1 /var

...

du -h -d 1 /var/log

И т.д., пока не найдём пожиратель дискового пространства.

Может быть есть более изящный способ определения причны «No space left on device», но и этот хорошо работает.